"¿Cuántas veces debo seguir peleando?" Las cinco chicas pidieron sus oraciones y se hicieron chicas mágicas, sus existencias continuarán peleando contra la maldad que no es vista, las Brujas. Y ahora, las chicas pelean contra Noche de Walpurgis, la bruja más fuerte y malvada. Las oportunidades de ganar son nulas, pero, creyendo en la esperanza, las chicas siguen peleando. "¿Cuántas veces debo repetir esto?" Para cambiar el futuro que no puede ser cambiado, ¡esta es la nueva historia de las Puella Magi!
- ―Prólogo de Madoka Magica Online.
Línea de Tiempo 1[]
Introducción[]
La ciudad de Mitakihara está parcialmente destruida y las Puella Magi pelean contra Noche de Walpurgis. Kyoko, Mami y Sayaka yacen muertas en el suelo y Homura está inconsciente. Al despertar, ve a Madoka pelear, quien le dice que no se preocupe pues una amiga suya vino a ayudarlas y también se encuentra peleando. Homura se lamenta de repetir el tiempo tantas veces y ser incapaz de salvar a Madoka.
Las dos chicas siguen peleando, pero mueren en el intento. Homura se pregunta que hizo mal esta vez, pero se da cuenta de que la chica nueva tiene un potencial mágico diferente. Tal vez podría sacar provecho de esto y ganar en la próxima pelea contra Walpurgis. Con este pensamiento, retrocede el tiempo.
Misión 1: Gertrud[]
La Protagonista acaba de hacer el contrato con Kyubey. Este la conduce hacia la barrera de Gertrud mientras le explica sobre los familiares y las brujas y el peligro que se corre ahí. Tras ganar al primer familiar, la Protagonista y Kyubey se cruzan con Mami y las demás chicas. Kyubey le dice a Mami que han llegado tarde, pues la chica nueva venció al familiar. Luego Kyubey le presenta a Mami, mientras que Sayaka y Madoka se presentan ante la Protagonista. Mami dice que esto es una gran oportunidad y le ofrece unirse al grupo.
Tras conocerse mejor, Madoka se da cuenta de que la Protagonista es una compañera de la escuela primaria de Madoka y Sayaka. Sayaka también parece reconocerla y le dice que Mami les advirtió que mantengan la guardia ante nuevas Puella Magi, pero que harán una excepción respecto a la Protagonista. Mientras le cuentan sobre Noche de Walpurgis, Kyubey les avisa sobre un nuevo familiar. Tras vencerlo, las chicas deciden tener cuidado para cuando lleguen hacia la bruja.
Más tarde, en camino a la escuela, Sayaka está preocupada porque la bruja debe estar causando desastres por ahí. Le comenta sus dudas a Madoka y a la Protagonista, quien no estudia ahí. En eso, Kyubey les llama, pues han encontrado a otro familiar. Tras derrotarlo, Mami descubre que era un familiar que se había escapado de la barrera de la bruja. Varios familiares están escapando de la barrera recientemente, así que lo mejor es eliminarla de una vez.
En la escuela, Sayaka tiene un plan para derrotar a Gertrud, por más descabellado que suene. Ya que a la bruja le gustan las rosas, lo que hay que hacer es destrozar las rosas de la barrera para que la bruja se enoje y aparezca de una vez. Mami opina que es un plan ridículo, pero vale la pena intentarlo. Tras derrotar al familiar de turno y destrozar las rosas, nada ocurre. En eso, las chicas reciben un mensaje telepático de Homura, quien junto a Kyoko, encontró la barrera. Mientras se dirigen hacia allá, Sayaka se lamenta de que su loco plan no funciono.
Las cuatro chicas llegan hacia el lugar, donde se encuentran con Homura y Kyoko. Kyoko le dice a la Protagonista que no se meta en su camino ni la estorbe en las peleas, pero se presenta ante “la novata”. Homura inmediatamente reconoce a la Protagonista de la línea de tiempo anterior. Tras derrotar a Gertrud, Madoka celebra con Sayaka y la Protagonista mientras Kyoko decide quedarse a pelear brujas con ellas, por ser principiantes. Mami toma la Semilla del Sufrimiento de Gertrud y le explica a la Protagonista sobre las utilidades de este objeto.
Misión 2: Suleika[]
Aunque, la Protagonista no estudia en la escuela a la que las chicas van, logra meterse y hablar con Mami. Esta le explica que últimamente hay muchas barreras por la escuela, pero no ve ninguna bruja. En eso, la Protagonista siente una barrera cerca de ahí, en la que hay un familiar. Mami se da cuenta de que ella tiene una habilidad de rastreo poderosa y antes de avisar a las demás, le pide que cada vez que rastree una bruja o familiar, les tenga avisadas de la situación. Tras derrotar al familiar, Kyoko se queja de que no era una bruja, ocasionando que se pelee con Sayaka y que Madoka las detenga.
Al otro día, la Protagonista rastrea una barrera de familiar, pero en eso se le aparece Homura. Esta le explica que es la misma barrera de antes, la cual se está regenerando. También le dice que no le interesa mucho pelear contra brujas o familiares ni mucho menos estar en el grupo de Mami. La Protagonista decide avisar a las demás, cumpliendo con lo que le dijo Mami. Tras derrotar al familiar, Kyoko continua quejándose sobre el hecho de que no era una bruja, a lo que Mami le dice de que ella dijo antes de que no podía dejar solas a las novatas, haciendo que Kyoko se avergüence.
Mientras patrullan por la ciudad, Madoka ve que unos cachorritos se meten por accidente a la barrera de Suleika. Kyoko se enfada, pues no quiere salvar unos insignificantes perros, pero cambia de opinión. Mami y Madoka deciden salvar a los cachorros y pelean contra el familiar. Con ayuda de Kyoko y la Protagonista, Madoka derrota al familiar y salva a los cachorros. Kyoko le dice que lo mejor es devolver a los perros con su mamá. Sayaka sigue preocupada por la barrera, pues no deja de regenerarse.
Las Puella Magi encuentran un nuevo familiar. Ya que la barrera se regenera, Mami les dice a las demás que peleen y destruyan a todos los familiares que encuentren. Kyoko se rehúsa a hacerlo, pues tiene hambre, ocasionando que discuta con Sayaka otra vez. Divididas en grupos de tres, las Puella Magi pelean contra los familiares restantes. Tras derrotarlos usando “Tiro Finale”, Madoka y Sayaka halagan a Mami por derrotarlos tan fácilmente.
Finalmente, llegan hacia la bruja. Antes de la pelea, Mami revisa la Gema del Alma de la Protagonista y decide purificarla con la Semilla del Sufrimiento que dejará caer Suleika si es que la derrotan. Todas están de acuerdo, menos Homura, por alguna razón. Tras derrotar a Suleika, Kyoko discute con Homura acerca del porqué de su actitud al no querer que la Protagonista use la Semilla del Sufrimiento. Homura le responde con evasivas y se marcha, pues la bruja ya fue derrotada y es lo único que importa. Mientras Kyoko insulta a Homura, Madoka se preocupa por ella, pues quiere que se haga amiga de las demás.
Misión 3: Elly[]
Sayaka y Madoka ven a un grupo de personas con marcas extrañas en sus muñecas y nuca en un callejón. Mami les explica que esas personas han sido afectadas por un beso de bruja y Kyoko la interrumpe para explicar que si no hacen algo al respecto, las personas morirán. Las chicas derrotan a los familiares de la bruja y Madoka se preocupa por ver a las personas afectadas en el suelo. Mami dice que sólo están inconscientes y pide a las chicas seguir buscando a la bruja, pues deberían dejarle las personas inconscientes a la policía.
Mientras siguen buscando a la bruja, Madoka se pregunta qué es un beso de bruja, y Kyoko le explica que es una marca que las brujas le ponen a "sus presas". Madoka le pregunta cómo es que las brujas dejan esa marca, a lo que Kyoko le responde que no tiene idea. Sayaka las interrumpe avisando que hay otro grupo de personas afectadas por el beso de bruja. Cuando derrotan a los familiares y la barrera desaparece, las chicas celebran y admiran las habilidades de la Protagonista. Sin embargo, Homura aparece para decirles que no importa cuántos familiares derroten, pues las personas seguirán afectadas si no eliminan a la bruja, y se marcha. Sayaka se queja de que Homura venga siempre a hacer de aguafiestas, pero Madoka le sugiere que ella tal vez les dice eso porque quiere cuidarlas. Mami encuentra otro grupo de personas manipulado por la bruja y todas van a eliminar a los familiares.
Las chicas siguen patrullando para encontrar a la bruja responsable. Después de derrotar a varios grupos de familiares, Sayaka observa a un grupo de personas diferente a los anteriores, por lo que Mami comenta que esto es obra de la bruja. Madoka se da cuenta de que Hitomi está entre la multitud e intenta ayudarla, pero no la escucha. Kyoko la calma y la motiva a derrotar a la bruja para mantener a su amiga a salvo. Las Puellas Magi derrotan a la bruja Elly. Madoka agradece haberse convertido en chica mágica porque les permitió conocerlas, mientras Sayaka agradece a una desconcertada Kyoko por haberla salvado. Ésta sólo le responde de broma que no va a darle ninguna Semilla por ser amable con ella.
Misión 4: Charlotte[]
Después de los eventos de la misión anterior, Sayaka y Kyoko se reúnen en la iglesia. Sayaka comenta que Hitomi fue al hospital y agradece a Kyoko una vez más por su ayuda. Kyoko la molesta recordándole que tiene un novio al qué visitar en el hospital. Sayaka niega que ella y Kyosuke sean novios y ambas discuten hasta que Mami les habla telepáticamente para decirles que una barrera de bruja ha aparecido en el hospital. Sayaka se preocupa porque Kyosuke podría estar en peligro y van a reunirse con Mami a investigar.
Ya en la barrera, Madoka se preocupa por Sayaka por haber ido por su cuenta a investigar, por lo que va a buscarla con ayuda de Kyoko y la Protagonista para reunirse con Mami. Kyoko se preocupa porque siente que esta bruja es más fuerte que las demás y se queja de que Sayaka estaba tan asustada por Kyosuke que actuó sin pensar. De repente, escuchan el grito de Mami y van a ayudarla. Después de salvar a Mami de unos familiares, encuentran a Sayaka, quien se disculpa por haber actuado sin pensar al estar tan preocupada por Kyosuke. La Protagonista no sabe quién es esa persona, por lo que Madoka le explica que él es una persona muy importante para Sayaka, y le pide a la Protagonista protegerla.
Mientras siguen avanzando por la barrera, a Madoka le dice a la Protagonista que tiene miedo de que no puedan ganarle a una bruja tan fuerte, por lo que Mami las motiva a seguir luchando. Tiempo después, Sayaka le cuenta a la Protagonista que Kyosuke es un amigo suyo que solía tocar la guitarra y que hizo el contrato para curar su mano, por lo que sólo necesita estar hospitalizado un poco más de tiempo. Por lo tanto, pide ayuda a la Protagonista para proteger a Kyosuke. Finalmente, encuentran a la bruja Charlotte. Kyoko es la atacante principal de la bruja mientras las demás hacen de apoyo. Una vez eliminada la bruja, Mami felicita a todas, en especial a Madoka, Sayaka y la Protagonista, pues se han graduado de ser aprendices. Sayaka se separa del grupo para visitar a Kyosuke en el hospital y se marcha. Homura observa al grupo de lejos.
Misión 5: Patricia[]
Homura llama a la Protagonista. Le dice que las peleas últimamente han sido más fáciles que de costumbre. Las otras chicas aún no lo han notado, pero el motivo por el cual esto ocurre no es por los poderes de ellas, sino por la Protagonista. Le cuenta sobre las líneas de tiempo anteriores y como Mami murió en muchas de ellas contra Charlotte. Tal vez la presencia de la chica nueva pueda cambiar el destino que no puede ser cambiado. En eso, Madoka las llama, pues Mami encontró una barrera con un familiar. Tras derrotarlo, Mami se da cuenta de que las novatas se han fortalecido últimamente. Madoka se alegra al oír eso y se siente con más autoestima, para sorpresa de Homura. Esta se va, no sin antes llamar a la Protagonista. Le dice que no cuente a nadie sobre la conversación que ambas tuvieron antes, ya que sabe que nadie le creería. Le pregunta si ella le cree, a lo que la Protagonista responde que no.
Misión 6: Izabel[]
La Protagonista se reúne a solas con Mami, quien le comenta cómo Kyoko y Sayaka suelen discutir. Le revela a la Protagonista que ella solía conocer a Kyoko desde mucho antes y cuenta la misma historia mostrada en el CD Drama 3. Mami se disculpa y se pregunta por qué le tiene tanta confianza a la Protagonista, por lo que le pide que guarden esta conversación en secreto. La Protagonista detecta una barrera de bruja y Mami le dice que vayan a investigar con las demás.
Luego de derrotar a los familiares, Sayaka se pregunta por qué éstos intentan reunir algo, por lo que Homura teoriza que la bruja tiene sus propios planes. Mami está de acuerdo. Kyoko sugiere que simplemente dejen a los familiares atacar a suficiente gente como para convertirse en brujas, pues no quiere gastar su magia en vano. Mami se sorprende por la actitud de Kyoko y le pide no ser la chica egoísta que era antes. Esto enfada a Kyoko y ambas discuten por el pasado. Kyoko se marcha por un rato y les pide no volver a llamarla para matar simples familiares, entristeciendo a Mami y Madoka.
Después de que las chicas restantes luchan contra varios familiares, Homura comenta que su teoría era cierta, pues descubrió que la bruja está reuniendo humanos para convertirlos en su mayor obra de arte. Kyoko decide volver porque está preocupada por Mami, aunque lo niega abiertamente cuando Sayaka se lo pregunta. Mami y Madoka se separaron del grupo para pelear contra unos familiares. Homura sospecha que algo malo les puede pasar si pelean sólo ellas dos, pues no lucharán como lo han hecho hasta ahora. Cuando buscan a Mami, Kyoko le sermonea por intentar ir sola de nuevo y encima llevar a una de las novatas. Mami le agradece telepáticamente por preocuparse tanto por ella, y pide su ayuda para pelear contra la bruja. Sin embargo, la bruja escapa y Madoka descubre que el cuerpo de Mami no se mueve, a pesar de no tener rasguños. Kyoko se asusta y cree que está muerta, pero Homura la calma diciéndole que Mami aún puede ser salvada, pues cabe la posibilidad de que la gema del alma de Mami fue separada de su cuerpo y quedó atrapada en la barrera de la bruja Izabel durante la pelea. Kyoko acusa a Homura de saber más de lo que aparenta y desconfía de ella. Homura se defiende diciendo que sólo sacó conclusiones observando. Madoka y Sayaka paran la discusión, porque deben salvar a Mami. Kyoko se rinde, pero jura que no perdonará a Homura si Mami muere.
Mientras buscan a la bruja, Kyoko se enfada porque Sayaka y Madoka le recuerdan que Mami es su amiga y no quiere hablar del pasado. Kyoko intenta alejarse de ellas, pero la Protagonista la mira y la convence de hablar de sus sentimientos. Kyoko les revela su historia y su pasado con Mami a las chicas. Agradece a la Protagonista, pues cree que ella es la razón por la cual volvió a cooperar con otras chicas mágicas.
Las chicas encuentran la gema del alma de Mami en la barrera, pero descubren que está justo debajo de la bruja Izabel. Las chicas se preocupan porque no tienen la ayuda de Mami para pelear, pero Homura añade que tienen a la Protagonista de su lado. Tras eliminar a la bruja, las chicas reúnen a Mami con su gema del alma, haciéndole recuperar la consciencia y Madoka se alegra porque está a salvo. Kyoko no comprende del todo la situación y pide explicaciones a Homura, quien se limita a decirle que se lo pregunten directamente a Kyubey. Sin embargo, les aconseja hacerlo cuando estén listas, en especial a Sayaka (posiblemente por los eventos del Episodio 6 del anime), y se despide de las chicas mientras Madoka la mira preocupada.
Misión 7: Elsa Maria[]
Kyoko confronta a Kyubey y le pregunta qué fue lo que le pasó a Mami. Kyubey se sorprende que vayan a buscarlo para preguntarle algo tan obvio. Madoka no entiende por qué lo llama obvio, por lo que Kyubey dice que no tiene problemas en explicar, pero indica que la Protagonista ha detectado otra barrera. Sayaka se enfada con Kyubey por evadir la pregunta, pero Mami le pide acompañar a todas a buscar a la bruja, pues podrán saber luego la verdad. Cuando terminan de luchar, Kyubey les revela que las gemas del alma contienen las almas de las Puellas Magi, y que no dijo esa información porque no mostraba ser un inconveniente para ellas. Sayaka se enfurece con él por ocultarles información tan importante, a lo que Kyubey responde que no entiende el por qué las personas siempre tienen la misma reacción cuando les dice la verdad. Mientras las chicas asimilan la verdad con horror, Homura aparece. Mami le pregunta por qué no les dijo la verdad antes, por lo que Homura explica que muchas veces lo intentó pero nadie le creyó. Homura ignora los insultos de Sayaka (quien está demasiado afectada) y dice que Kyubey no encuentra cruel lo que hace, pues les garantizó un milagro a cambio, y les recuerda que deben seguir buscando a la bruja Elsa Maria.
La Protagonista se preocupa por Sayaka y se reúne con ella a solas. Sayaka le comenta que el "balance entre esperanza y desesperación siempre llega a cero", preguntándose por qué recuerda una frase como esa (la cual referencia al Episodio 8). Sayaka se entristece y se desahoga con la Protagonista, pues confiesa amar a Kyosuke y que no puede estar con él ahora que es una zombie.
Tiempo después, Madoka le pregunta a la Protagonista si sabe algo de Sayaka, pues ha estado actuando extraña en la escuela. Ambas encuentran a Sayaka, quien les revela que Hitomi también está enamorada de Kyosuke, por lo que le pidió que hiciera a Kyosuke feliz por ella. Madoka se pregunta si eso es lo que realmente quiere, pero a Sayaka no le importa, pues deben reunirse con las demás para buscar a la bruja, angustiando aún más a Madoka. Sayaka no pelea bien en la barrera, preocupando a Madoka y Kyoko. Sayaka se comporta de manera agresiva con sus amigas y habla de si misma de manera autodestructiva, no importándole nada ahora que su cuerpo está separado de su alma, y ataca histéricamente todo a su paso.
Madoka, preocupada, llama a Homura para pedirle ayuda sobre cómo salvar a Sayaka. Homura le responde que no sabe cómo pueden ayudarla, añadiendo que Sayaka está alcanzando su límite. Madoka le pregunta a qué se refiere con esto último, pero Homura le responde que posiblemente no le crean, tal y como pasó antes. Luego cambia el tema y le pregunta a Madoka si ha notado algún cambio en el estilo de pelea de todas. Como se acerca Noche de Walpurgis, le pide a Madoka quedarse cerca de la Protagonista, pues si luchan junto a ella, podrían derrotar a Walpurgis.
Las chicas encuentran a Sayaka peleando sola. Mami y Kyoko se preocupan e intentan ayudarla a pelear, pero Sayaka insiste en pelear sola y les reprocha el verlas hacer equipo. Mami le cuenta su triste pasado con Kyoko, pero afirma que todo será distinto ahora que están todas juntas y trata de convencerla de aceptar su ayuda. Sayaka le agradece por su bondad, pero que es demasiado tarde para ella, pues enseña su gema del alma, la cual está completamente oscura. Sayaka se lamenta por haber preocupado a todas y se convierte en una bruja. Madoka escucha las últimas palabras de Sayaka telepáticamente. Homura comenta que Sayaka no pudo sobrevivir antes de la Noche de Walpurgis por haber acumulado tantas impurezas. Madoka se preocupa y quiere buscar a Sayaka. Homura intenta retenerla, sin éxito.
Cuando llega a donde están las demás, Madoka pregunta por qué el cuerpo de Sayaka yace inconsciente en el suelo. Madoka cree que a Sayaka le pasó lo mismo que a Mami cuando pelearon contra Izabel, pero Homura le corrige revelando que el cuerpo de Sayaka está vacío por convertirse en una bruja. Ella revela que esa es la verdad detrás del sistema de las Puellas Magi.
Misión 8: Oktavia[]
El cuerpo de Sayaka es mantenido con magia en la casa de Mami. Madoka, Kyoko y la Protagonista se muestran preocupadas por Sayaka, pues quieren saber si puede ser salvada. Kyoko decide ir a hablar con Kyubey mientras las demás pelean contra los familares. Kyoko confronta a Kyubey, quien le dice que ellas están haciendo un gran escándalo por la muerte de una sola persona, sobre todo Kyoko. Kyubey cree que es influencia de la irregularidad de la Protagonista. Kyoko lo calla y pregunta si hay alguna manera de salvar a Sayaka. Kyubey no le promete nada, pero cree que cualquier cosa puede pasar, teniendo en el grupo a dos chicas irregulares.
Antes de ir a pelear contra el familiar de turno, Homura llama a la Protagonista. Le dice que Noche de Walpurgis vendrá pronto y que en las demás líneas de tiempo, no pudo salvar a Madoka. Pero esta línea de tiempo es diferente, ya que esta la Protagonista y que sus poderes han despertado de una forma extraña, a diferencia de las otras líneas de tiempo. Homura decide que en la pelea contra el familiar, examinara el poder de la Protagonista. Tras derrotar al familiar, Homura le pregunta si es que es consciente de su poder ahora. La Protagonista aun no lo sabe, de modo que le explica que el poder de esta es que con su presencia, puede amplificar los poderes de las Puella Magi a su alrededor. Mientras mayor sea la cantidad de Puella Magis, mayor es el poder que ellas tienen. Homura le confiesa que ella también quiere salvar a Sayaka, pero también cree que una Puella Magi que se convirtió en bruja no puede ser salvada.
Las chicas enfrentan a Oktavia Von Seckendorff y similar al anime, Madoka habla con la bruja para que vuelva a ser Sayaka, sin éxito. Kyoko muere (posiblemente porque se sacrificó como en el Episodio 9), lo que preocupa a Homura, pues ahora sólo son 4 chicas mágicas disponibles para pelear contra Walpurgis. Mami entristecida le dice que eso es lo menos importante, pues han perdido a dos preciadas amigas. Homura se disculpa y llama a la Protagonista, a quien pide ayuda para derrotar a Walpurgis y salvar a Madoka.
Noche de Walpurgis[]
Días después, pelean contra Noche de Walpurgis. Mami ha sido eliminada y solo quedan Madoka y la Protagonista. Homura está inconsciente otra vez, pero despierta a tiempo para ver que solo quedan dos chicas. Madoka se lamenta de no haber podido salvar a Sayaka y Kyoko pero que tratará de derrotar a Walpurgis. Nuevamente, todo ocurre como en la línea de tiempo anterior y Madoka y la Protagonista son eliminadas. Homura se lamenta de que su plan no funcionó, pero decide retroceder el tiempo e intentarlo otra vez.
Línea de Tiempo 2[]
Misión 9: Gertrud[]
Kyubey presenta a la Protagonista a todas las chicas (excepto Homura, quien está ocupada buscando a una bruja). Mami sugiere que todas vayan a ayudar a Homura, mientras Madoka tiene el presentimiento de haber visto a la Protagonista anteriormente. Luego de derrotar a un familiar, las chicas se dan cuenta de en combate están más sincronizadas, y de pronto ven que sus Gemas del Alma están brillando al mismo tiempo. Madoka sugiere que tal vez se deba a la presencia de la Protagonista. Mientras todas las chicas se presentan, Homura aparece para presentarse y le sonríe a la Protagonista, para la sorpresa de todas.
Las chicas deciden separarse para cazar a la bruja más fácilmente. Mami y Sayaka van juntas mientras comentan que deben seguir con su deber aunque tengan otra chica mágica en su equipo. Madoka se comunica con ellas telepáticamente para decirles que la Protagonista detectó una barrera que está mucho más lejos que lo usual. Cuando derrotan al familiar encontrado, las gemas vuelven a brillar, por lo que las chicas sugieren que sus gemas están brillando en respuesta a un poder mágico. Mientras tanto, Homura y Kyubey conversan en privado, quien descubre el poder de Homura de manipular el tiempo y sus intenciones con la Protagonista: retroceder el tiempo para potenciar las habilidades de la Protagonista y hacerla su aliada para derrotar a Noche de Walpurgis. También añade que, ahora que tienen a la Protagonista de su lado, es muy probable que derroten a Walpurgis.
Después de derrotar a otro familiar, las chicas van a descansar a la catedral y celebrar la bienvenida de la Protagonista. Juntas comen un pastel hecho por Mami, quien se disculpa por no invitarlas a su departamento porque está desordenado. Mientras Kyoko come varias rebanadas de pastel, Sayaka se pregunta por qué Homura no está presente. Madoka le responde que la invitó pero tuvo que retirarse, y le pide a la Protagonista no pensar mal de Homura. Tiempo después, Homura llama a la Protagonista en la escuela para conversar sobre cómo los poderes de ésta han mejorado en comparación a las líneas de tiempo anteriores, y pide su ayuda para derrotar a Walpurgis.
Después de que las chicas derrotan a la bruja Gertrud, tienen una fiesta de té en casa de Mami, quien invitó a Kyoko a vivir con ella. Madoka y Sayaka se alegran por ellas mientras Homura se queda sorprendida, e interroga a Kyoko por tan inesperada actitud (ya que Mami y Kyoko se habían distanciado en el pasado). Esto molesta a Sayaka, quien cree que Homura no aprecia la amistad entre ellas y le pide marcharse. Homura se disculpa y se retira. Luego, conversa con Kyubey sobre cómo Mami y Kyoko han fortalecido su relación, algo que nunca había ocurrido antes. Kyubey revela haber estado observando a Homura y descubre que cuando la Protagonista está cerca, la única Gema del Alma que no brilla es la de Homura, preocupándola.
Misión 10: Charlotte[]
Homura llama a Madoka para decirle su secreto de viajar en el tiempo, y que en sus viajes ha conocido a cierta bruja muy poderosa que va a aparecer en el hospital. Madoka se da cuenta de que Kyosuke está hospitalizado y sugiere avisarles a Sayaka, pero Homura le pide no hacerlo, ya que puede poner en peligro a Madoka (como en la previa línea de tiempo). Madoka y Homura llegan más tarde que las demás a la barrera, por lo que Sayaka se enfada y decide ir por su cuenta porque quiere salvar a Kyosuke. Kyoko va a buscarla y se disculpa con ella por burlarse de su emocionalidad, pues ahora comprende que sólo desea proteger a alguien importante, calmando a Sayaka. Esto sorprende a Homura, quien afirma que "Kyubey tenía razón", para la confusión de Madoka.
Mientras se adentran en la barrera, las chicas se dan cuenta de que la barrera se está expandiendo y que la cantidad de familiares está aumentando, preocupando a Sayaka. Madoka y Kyoko la calman, pero encuentran una sala del hospital con gente muerta y Sayaka sufre una crisis de angustia. Todas intentan calmar a Sayaka, por lo que ésta revela su deseo y que pidió curar el brazo de Kyosuke porque está enamorada de él. Por lo tanto, Kyoko la motiva a seguir luchando mientras las demás comentan que no deben rendirse. Homura sonríe al darse cuenta de cómo Sayaka y Kyoko se llevan mejor, al punto de tomarse de las manos. Luego de mucho esfuerzo, las chicas derrotan a la bruja Charlotte. Mami comenta que, ya que derrotaron a la bruja, Sayaka debe confesar sus sentimientos a Kyosuke como prometió y la motivan a enfrentar sus sentimientos. Homura le llama la atención a las chicas, pues están actuando de manera muy amable y unida. Les advierte que no deberían pensar en el romance, pues pelear contra Noche de Walpurgis es más importante. Las chicas le recriminan a Homura por su insensibilidad, en especial Madoka, quien cree que Homura está siendo cruel. Mientras las chicas se van, Homura se entristece porque Madoka no entiende que ella en realidad está preocupada por lo que pueda ocurrir en esta línea de tiempo tan diferente a las demás.
Misión 11[]
Kyoko y Sayaka comentan sobre la actitud de Homura, quien creen que le molesta que ellas se lleven bien entre si. Van a ayudar a Mami a eliminar una barrera y las chicas le recuerdan a Sayaka que debe confesarse con Kyosuke. Sayaka responde que no sabe cómo hacerlo, por lo que Mami promete darle consejos en la fiesta de té que hará después de que terminen de patrullar. Por otra parte, Homura se encuentra con Kyubey, quien se burla de ella por haberse ganado el disgusto de las demás chicas. Homura le dice que no le importa, pero Kyubey le pregunta si es correcto no decirles la verdad detrás del sistema de las Puellas Magi considerando cómo está Sayaka emocionalmente, enfadando a Homura. Homura se marcha para reunirse con las demás, no sin antes escuchar a Kyubey decir que ella no puede cambiar el destino.
Las chicas se reúnen con Mami para darle consejos a Sayaka para que confiese sus sentimientos por Kyosuke. Las chicas le sugieren llevarle dulces a Kyosuke hechos por ella misma. Sayaka afirma que no sabe cocinar, pero Mami se ofrece a ayudarle. Mientras Mami y Sayaka preparan chocolates para Kyosuke, la Protagonista detecta una barrera y va con Homura a investigar. Tiempo después, cuando Sayaka va a buscar a Kyosuke, lo pilla en mitad de una sesión de rehabilitación, por lo que no pudo confesar sus sentimientos por él. Tampoco pudo darle los chocolates, ya que Mami fue quien los hizo y sintió que eso sería hacer trampa. Tiempo después, Madoka le sugiere a Sayaka escribirle una carta a Kyosuke. Sayaka le advierte que no es muy buena con las palabras, por lo que Madoka le ofrece escribir un borrador como guía. Cuando lee el borrador de Madoka, Sayaka cree que lo mejor es decírselo cara a cara, y se disculpa con ella por haberle hecho escribir. Kyoko se enoja con Sayaka por posponer tanto su confesión, a lo que ésta le responde si está bien ser tan egoísta, pues Kyosuke está persiguiendo sus propios sueños y no quiere intervenir con ello. Las chicas la convencen de decir lo que siente y le ofrecen más ideas, pero Sayaka pide un tiempo a solas y se disculpa con ellas.
Sayaka va al hospital y cuando está a punto de irse a su casa, encuentra a Kyosuke, quien necesita hablar con ella. Él se disculpa con ella por haberla tratado tan mal mientras estaba hospitalizado, y le revela que viajará a Alemania para mejorar sus habilidades con la música después de su rehabilitación. Esto sorprende a Sayaka, quien no quiere que él se vaya tan lejos. Kyosuke le asegura que volverá y le pide ser la primera que le escuche tocar su guitarra, como muestra de gratitud por todo el tiempo que ella lo fue a visitar al hospital. Sayaka decide no confesar sus sentimientos por Kyosuke y ambos se despiden.
Misión 12[]
La Protagonista está cazando familiares con Sayaka, quien está muy animada y le comenta que le gustaría encontrar su propósito en la vida, como Kyosuke lo hizo. Cuando se reúnen con las demás chicas, se preocupan por Sayaka porque creen que está ocultando su angustia por no confesársele a Kyosuke. Madoka le pregunta directamente cómo le fue, y Sayaka le contesta que no sabe por qué no necesitó confesar sus sentimientos, pero que se alegra de que todas se preocupen por ella, confundiendo a Madoka. Sayaka va a visitar a Kyosuke y le escucha tocar la guitarra. Le expresa cómo se sentía cuando lo escuchaba tocar y lo impotente que se sintió cuando él sufrió el accidente que lastimó su mano. Sin embargo, ahora que lo escuchó tocar su guitarra, Sayaka se da cuenta de que está agradecida con él porque, sin importar lo inútil que ella se sienta, hay cosas que ella puede hacer, como hacer felices a otras personas. Sayaka jura que se esforzará como Kyosuke y se marcha.
Homura se topa con Kyubey, quien le advierte que Noche de Walpurgis llegará pronto a la ciudad de Mitakihara. Homura no está preocupada, ya que tienen a la Protagonista de su lado. Sin embargo, Kyubey le recuerda que su Gema es la única que no brilla con el poder de la Protagonista, molestando a Homura, quien le llama la atención por decirle esta información ahora. Homura se encuentra con las chicas y decide comentarles cómo ellas han estado descuidando tanto sus deberes como Puellas Magi y les advierte que Noche de Walpurgis llegará pronto. Al principio no le creen, pero con ayuda de Madoka, el grupo es convencido de entrenar para estar preparadas. Homura trata de convencer a Madoka de no pelear contra la bruja, pero Madoka le dice que debe hacerlo porque no quiere huir mientras las demás pelean. Homura le revela que está preocupada de no poder protegerla porque su Gema no brilla como las de las demás con el poder de la Protagonista, por lo que sólo será una carga que no puede proteger a Madoka. Madoka insiste en querer luchar para proteger a todos, entristeciendo a Homura.
Misión 13: Elly (Parte 1)[]
Kyoko le comenta a Mami que han aparecido más brujas últimamente, por lo que Mami explica que posiblemente sea por la pronta llegada de Noche de Walpurgis. Las chicas deciden trabajar juntas y dar lo mejor de si para estar listas para luchar contra Walpurgis. Después de cazar algunos familiares, Kyoko acusa a Homura de no esforzarse lo suficiente para trabajar en equipo con las chicas, por lo que Homura se disculpa y les sugiere que ella misma debe separarse del grupo para no estorbar su trabajo de cazar brujas. Todas parecen estar de acuerdo (porque Homura siempre ha peleado bien sola) menos Madoka, quien se niega a permitir que Homura se ponga en peligro. Homura insiste en que es lo mejor y se marcha a cazar brujas.
Madoka trata de convencer a las demás de que Homura no debería pelear sola contra las brujas. Las chicas entienden sus motivos, pero por ahora deben derrotar a la bruja Elly, y no saben cómo ponerse en contacto con Homura. Kyubey aparece y les ofrece seguir a Homura para ponerse en contacto con ellas si Homura está en peligro. Las chicas aceptan el plan. Kyubey sigue a Homura y le cuenta la promesa que hizo con las chicas de seguirla. A Homura no le importa, pues insiste en que peleará sola contra todas las brujas. Las chicas pelean contra varios grupos de familiares, mientras Homura es advertida por Kyubey de que ella es muy dependiente de las armas no mágicas, por lo que si se queda sin municiones, no podrá derrotar a la bruja sólo con su magia de tiempo. A pesar de la advertencia, Homura sigue luchando y se le empiezan a acabar las balas de sus armas. Kyubey le sugiere pedir ayuda, pero Homura se niega y amenaza con dispararle si pide la ayuda de las demás innecesariamente. Mientras tanto, las chicas celebran su trabajo en equipo y tratan de contactar a Kyubey telepáticamente para saber sobre Homura, pero no reciben respuesta alguna...
Misión 14: Elly (Parte 2)[]
Homura sigue luchando contra los familiares mientras Kyubey la observa. Un familiar destruye una de las pistolas de Homura, frustrándola. Kyubey le comenta si con esa actitud podrá derrotar a Noche de Walpurgis, pero Homura lo hace callar. Por otro lado, Madoka intenta comunicarse con Homura, pero Sayaka le recuerda que, una vez una Puella Magi entra a una barrera, es imposible comunicarse con ella por métodos normales. La Protagonista sale corriendo y las chicas la persiguen hasta que la Protagonista les enseña la pistola rota de Homura, la cual no tiene balas. Sayaka sugiere que la Protagonista también puede rastrear a otras chicas mágicas, y se da cuenta de que Homura es tan fuerte porque se esfuerza mucho más que ellas al no tener armas mágicas. Con ayuda de Madoka, se dan cuenta de que Homura no es mala persona como creían y deciden ir a buscarla con la ayuda de la Protagonista. Mientras la Protagonista usa su magia de rastreo para encontrar a Homura, Madoka les revela a todas que Homura ha viajado en el tiempo y que puede usar magia de tiempo. Al principio las chicas no le creen, pero Madoka les pide creer en Homura y en el trabajo en equipo de todas.
Mientras Homura está luchando, la bruja la ataca y deja su pierna sepultada bajo los escombros. Sabiendo que podría pedir ayuda a Madoka, pero que Homura no lo permitiría, Kyubey se lamenta cómo Homura podría haberse convertido en bruja, pero que al final terminaría siendo eliminada por una bruja. Por lo tanto, Kyubey se marcha y deja a una moribunda Homura, quien está a punto de perder la consciencia. Cuando está a punto de colapsar, Madoka y las demás eliminan a la bruja y rescatan a Homura. Ésta se disculpa porque cree que sólo estorbará a las chicas en la pelea contra Noche de Walpurgis, pero Madoka y Sayaka la convencen de que eso no es cierto. Las chicas piden a Homura cooperar con ellas para derrotar a Walpurgis, conmoviendo a Homura.
Misión 15: Noche de Walpurgis[]
Un reporte de las noticias indica que se acerca una tormenta y que todos deben tomar refugio. Noche de Walpurgis ha llegado. Mientras Mami les revela la información que Homura le dio sobre Walpurgis, Madoka se preocupa de que Homura haya ido por su cuenta. Las chicas deciden ir a buscarla, pero enfrentan antes a un grupo de familiares. Cuando encuentran a Homura, Sayaka se disculpa con ella por haberla tratado mal los días anteriores y pide su cooperación para luchar. Homura acepta su cooperación, pero decide pelear contra los familiares sola por miedo a ser una carga para los demás. Viendo esto, Mami va a buscar a Homura y le pide reunirse en la estación de metro. Mami la ata con sus listones para evitar que huya y decide persuadirla de que deje de luchar sola, ya que todas la necesitan y todas son amigas valiosas para ella. Homura se sorprende de que Mami la considere su amiga también, y le agradece por sus palabras. Las chicas se reúnen en la casa de Homura a planear sus estrategias. Kyoko le entrega a Homura algunos dulces que Mami hizo, pues faltó a su última fiesta de té. Kyoko le cuenta a Homura su pasado con Mami y cómo no desea perder a nadie más, por lo que le ofrece su apoyo.
Las chicas van a enfrentar a Noche de Walpurgis. La batalla se complica, pues Sayaka, Mami y Kyoko recibieron un golpe directo de la bruja y terminaron incapacitadas, por lo que la única que puede luchar es la Protagonista. Homura se lamenta de que su Gema no brille con la magia de la Protagonista y se siente impotente por no poder ayudar ni salvar a todas. Madoka le pide que no se rinda, y se acerca a Noche de Walpurgis. Sintiendo cómo fluye su poder, Madoka le pide a la Protagonista y a todas las demás prestarle sus fuerzas para darle el golpe final a la bruja. La Protagonista comenta cómo Madoka destruyó a la bruja con un poderoso ataque, y cómo Madoka lloraba lágrimas de alegría mientras la Gema del Alma de Homura brillaba. Finalmente, las chicas derrotaron a Noche de Walpurgis, y Kyubey comenta cómo Madoka es la Puella Magi más poderosa de todas.